消化内科一病房
哈尔滨市最早成立的消化专业临床科室、省最早开展内镜下治疗科室之一。消化系统常见病疑难病诊治；内镜下消化道异物取出术；消化道出血止血技术；胃肠道息肉电切术；消化道肿物黏膜切除术(EMR) ；肿物黏膜剥离术(ESD)；消化道早癌的诊断治疗；食道良性狭窄球囊扩张术、支架置入术；肠道支架置入术；超声内镜的诊断技术(EUS)；胰胆管疾病的内镜下治疗(ERCP)；胶囊内镜等。
消化内科二病房
哈尔滨市第一医院消化二科是诊治消化系统疾病的专业临床学科，是省内较早开展内镜下治疗的科室之一。现已发展为集医疗、教学、科研于一体的综合性科室。科室现拥有主任医师5名，博士研究生1名，硕士研究生7人。